L’acquisition d’un fonds de commerce entraîne pour l’acheteur le versement de droits d’enregistrement. Ils s'élèvent à 3 % du prix de vente du fonds, augmenté des charges, pour la fraction du prix comprise entre 23 000 et 200 000 euros et à 5 % pour la fraction du prix supérieure à 200 000 euros.
Les charges à prendre en compte sont constituées des prestations supplémentaires dont le vendeur est redevable mais qui sont effectivement imposées à l’acquéreur. Il s’agit, en particulier, des frais de vente, de certains impôts (par exemple la taxe foncière concernant la période qui précède l’entrée en jouissance) ou des travaux de remise en état de l’immeuble. En revanche, la commission de l’agent immobilier qui est contractuellement mise à la charge de l’acquéreur n’est pas considérée comme une charge augmentative du prix.

Les cessions inférieures à 23 000 euros, pour lesquelles les taux de 3 et 5 % ne s’appliquent donc pas, entraînent uniquement le versement d’un droit fixe de 25 euros.

Les cessions de fonds de commerce qui sont constatées par un acte doivent être enregistrées dans le mois qui suit la signature dudit acte. A défaut d’acte, l’opération doit être enregistrée dans le mois suivant l’entrée en possession. 

En outre, les parties doivent remplir en triple exemplaire les imprimés n° 2672 (de déclaration de mutation de fonds de commerce ou de clientèle)  et n° 2676 (relatif à l’état du matériel et des marchandises neuves) disponibles dans les services des impôts ou sur le site  www.impots.gouv.fr.
Ces documents, doivent être déposés au service des impôts de la situation du fonds (lorsque l’opération est constatée par un acte sous seing privé) ou de la résidence du notaire (lorsque l’opération est constatée par un acte notarié).

La cession globale du fonds de commerce entraîne en principe le paiement de la TVA. Toutefois, cette opération est exonérée de TVA dès lors qu’elle remplit les conditions suivantes : 

• la vente porte sur l’intégralité du fonds de commerce ;
• l’acquéreur est redevable de la TVA.

L’exonération concerne alors l’ensemble des biens et des services transmis à l’occasion de la cession du fonds. Sont ainsi visés les biens mobiliers d’investissement, les marchandises, les biens meubles incorporels (marques, brevets, licences, etc.) et les immeubles.

Lorsque la cession a lieu en cours d’année, le vendeur du fonds reste seul redevable de la taxe professionnelle pour l’année entière. Cependant, les parties au contrat peuvent prévoir dans l’acte que l’acquéreur supporte une partie de l’imposition.

En revanche, si la vente prend effet au 1er janvier, l’acquéreur est imposé sur les bases d’imposition déclarées par son prédécesseur.

Enfin, l’acquéreur doit souscrire une déclaration n° 1003 P avant le 1er janvier de l’année suivant celle de la cession. De son côté, et dans le même délai, le vendeur doit informer, sur papier libre, l’administration fiscale du changement d’exploitant.