Pour bénéficier des mesures prévues pour les JEI, l’entreprise doit, à la clôture de son exercice, remplir simultanément les cinq conditions suivantes : 

• répondre à la qualification de petite ou moyenne entreprise, c’est-à-dire qu’elle doit employer moins de 250 personnes et réaliser un chiffre d’affaires inférieur à 50 millions d’euros ou avoir un total de bilan inférieur à 43 millions d’euros ; 
• être créée depuis moins de huit ans : une entreprise peut donc prétendre à bénéficier de ce statut jusqu’à son huitième anniversaire ;
• réaliser des dépenses de recherche (pour en connaître le détail, se reporter au parapraphe II) représentant au moins 15 % des charges totales engagées par l’entreprise au cours de l’exercice ;
• ne pas avoir été créée dans le cadre d’une concentration, d’une restructuration, d’une extension d’activités préexistantes ou d’une reprise de telles activités ;

• avoir son capital détenu à 50 % au moins de manière continue :
  - par des personnes physiques ;
  - ou par une petite ou moyenne entreprise dont le capital est détenu pour 50 % au moins par des personnes physiques ;
  - ou par des sociétés de capital-risque, des fonds communs de placement à risques, des sociétés de développement régional, des sociétés financières d’innovation ou des sociétés unipersonnelles d’investissement à risque (SUIR), à la condition qu’il n’existe pas de lien de dépendance entre la JEI et ces sociétés ou ces fonds, c’est-à-dire que la structure financière ne doit donc pas être majoritaire ou en mesure d’exercer le pouvoir dans la JEI ;
  - ou par des associations ou fondations reconnues d’utilité publique à caractère scientifique ou des établissements publics de recherche et d’enseignement ou leurs filiales ;
  - ou par des JEI.

  Remarque : le statut de JEI est applicable à toutes les formes d’entreprises : entreprise individuelle, société commerciale, etc.

Les dépenses de recherche doivent représenter au moins 15 % des charges totales engagées par l’entreprise au titre d’un exercice. Les dépenses retenues pour l’appréciation de la qualification de JEI sont celles définies à l’article 244 quater B II alinéas a à g du CGI relatif au crédit d’impôt recherche. Il s’agit :
- des dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l’état neuf et affectées directement à la réalisation en France d’opérations de recherche scientifique et technique, y compris la réalisation de prototypes ou d’installations pilotes ;
- des dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens directement et exclusivement affectés aux travaux de recherche et de développement ;
- des autres dépenses de fonctionnement exposées pour ces mêmes travaux : elles sont évaluées forfaitairement à 75 % des dépenses de personnel définies ci-dessus. Ce taux est cependant égal à 200 % en cas d’embauche à durée indéterminée d’un jeune diplômé (titulaire d’un doctorat ou d’un diplôme équivalent) pendant les 24 premiers mois de son recrutement (12 mois pour les dépenses engagées jusqu'au 31 décembre 2007) ;
- des frais de dépôt et de maintenance des brevets et des certificats d’obtention végétale ;
- des frais de défense des brevets et des certificats d’obtention végétale. Ils comprennent, par exemple, les frais de justice et les honoraires d’avocats exposés lors d’actions en justice engagées à la suite de contrefaçons ;
- des dotations aux amortissements des brevets et des certificats d’obtention végétale acquis en vue de réaliser des opérations de recherche et de développement expérimental ;
- des dépenses concernant les opérations de recherche sous-traitées à des entreprises ou des organismes extérieurs pour un montant plafonné à 10 millions d'euros (seulement 2 millions d’euros s’il existe un lien de dépendance entre l’entreprise innovante et ces organismes). Depuis le 1er janvier 2008, ce plafond est de 12 millions d'euros pour les opérations confiées à un organisme public de recherche ou à une université qui n'a pas de lien de dépendance ;
- de certaines dépenses de normalisation pour la moitié de leur montant.

Une entreprise remplissant les critères de la JEI peut bénéficier des avantages fiscaux suivants :
- exonération totale d’impôt sur le revenu ou d’impôt sur les sociétés pour les résultats des trois premiers exercices bénéficiaires et application d’un abattement de 50 % au titre des deux exercices bénéficiaires suivants. Les différents exercices bénéficiaires ne doivent pas nécessairement être consécutifs ;
- exonération totale d’imposition forfaitaire annuelle (IFA) durant toute la période au titre de laquelle l’entreprise conserve le statut de JEI ;
- sur délibération des collectivités territoriales, exonération pendant sept ans de taxe foncière sur les propriétés bâties et/ou de taxe professionnelle ;
- sous certaines conditions, exonération des plus-values de cession de parts ou actions des JEI détenues par des personnes physiques ;
- les JEI créées depuis le 1er janvier 2004 peuvent, sous conditions, demander le remboursement immédiat du crédit d’impôt recherche constaté au titre de l’année de leur création et des quatre années suivantes.

Les entreprises reconnues comme JEI bénéficient d’une exonération des cotisations patronales de Sécurité sociale pour les personnels participant à la recherche : les chercheurs, les techniciens, les gestionnaires de recherche et de développement, les juristes chargés de la protection industrielle et des accords de technologie liés au projet, les personnels de recherche chargés de tests pré-concurrentiels.

L’avantage est également ouvert aux mandataires sociaux relevant du régime général de Sécurité sociale (gérant minoritaire de SARL et de société d’exercice libéral à responsabilité limitée, président-directeur général et directeur général de SA, dirigeant de SAS) s’ils exercent au sein de l’entreprise une activité de recherche ou une activité de gestion de ce projet.

L'exonération porte sur les cotisations patronales d'assurance maladie, maternité, invalidité, décès, vieillesse, et allocations familiales au titre des rémunérations versées aux personnes occupant des emplois ouvrant droit à l’exonération. En revanche, restent dus :

Enfin, elle s’applique durant toute la période au titre de laquelle l’entreprise bénéficie du statut de JEI.

Le statut de JEI est cumulable avec le crédit d’impôt recherche.

En revanche, ce cumul est impossible avec les autres dispositifs d’exonération prévus en faveur des entreprises nouvelles (article 44 sexies du CGI), des reprises d’entreprises en difficulté (article 44 septies du CGI), des entreprises exerçant ou créant leur activité en zones franches urbaines (article 44 octies du CGI) ou en Corse (article 44 decies du CGI). Il en est de même pour le crédit d’impôt accordé en cas d’investissement en Corse (article 244 quater E du CGI).

Pour bénéficier des avantages attachés au statut de JEI, l’entreprise doit se déclarer spontanément à la Direction des Services fiscaux dont elle dépend. Aucun formalisme particulier n’est imposé en la matière.

Pour être exonérée de taxe foncière, l’entreprise doit nécessairement déclarer les immeubles concernés avant le 1er janvier de la première année d’application du dispositif.
Concernant la taxe professionnelle, l’entreprise doit formuler une demande d’exonération dans la déclaration provisoire n° 1003 P ou la déclaration annuelle n° 1003. En outre, elle doit déclarer chaque année dans la déclaration n° 1003, les éléments entrant dans le champ d’application de l’exonération.

Enfin, l’exonération de cotisations sociales s’obtient en cochant le code type adéquat sur le bordereau de cotisations URSSAF.

Si l’entreprise est susceptible de prétendre simultanément au statut de JEI et à un des régimes d’exonération évoqués précédemment (entreprise nouvelle, zone franche urbaine etc.), elle doit notifier au service des impôts des entreprises dont elle dépend, de manière expresse, sous quel régime elle souhaite se placer. Si son choix se porte sur la JEI, l’option est irrévocable tant qu’elle en remplit les conditions d’application.
L’entreprise doit respecter les délais suivants :
- l’option doit être exercée dans les neuf mois suivant celui de son début d’activité si elle entend se placer sous le régime de la JEI dès sa création ;
- si l’entreprise satisfait ultérieurement aux conditions requises pour prétendre à la qualification de JEI, cette option doit être notifiée dans les neufs premiers mois de l’exercice au titre duquel elle souhaite bénéficier des allègements fiscaux.

Afin de réduire le risque de redressement fiscal, la jeune entreprise innovante est vivement incitée à s’assurer, au préalable, qu’elle remplit bien les critères de ce statut. À cet effet, il lui suffit d’adresser une demande par voie postale en recommandé avec accusé de réception auprès de la Direction des Services fiscaux dont elle dépend. Cette demande peut être effectuée à tout moment et doit être formulée à l’aide du modèle de questionnaire disponible à l’adresse suivante :

http://www.impots.gouv.fr/portal/deploiement/p1/fichedescriptive_1934/fichedescriptive_1934.pdf

L’absence de réponse de la part de l’administration fiscale dans un délai de quatre mois vaut accord tacite. Dans ce cas, son éligibilité au régime de la JEI ne peut pas être remise en cause.