Peuvent bénéficier du CIR les entreprises industrielles, commerciales et agricoles relevant de l’impôt sur le revenu (IR) dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux, ou soumises à l’impôt sur les sociétés (IS), à condition d’être placées sous un régime réel d’imposition (simplifié ou normal), de plein droit ou sur option.

Les entreprises exonérées d’impôt sur les bénéfices en vertu de dispositifs spécifiques sont également susceptibles d’obtenir le CIR. Tel est le cas des entreprises nouvelles (article 44 sexies du CGI), des jeunes entreprises innovantes (article 44 sexies-0A du CGI), des entreprises créées pour la reprise d’une entreprise en difficulté (article 44 septies du CGI), de celles qui sont créées ou qui exercent leur activité dans les zones franches urbaines (article 44 octies du CGI), en Corse (article 44 decies du CGI) ou dans une zone de recherche et de développement d’un pôle de compétitivité (article 44 undecies du CGI). Depuis le 1er janvier 2008, le dispositif est étendu aux entreprises qui créent des activités dans les bassins d'emploi à redynamiser (article 44 duodecies du CGI).

Les dépenses doivent être affectées à la réalisation d’opérations de recherche scientifique et technique qu’il s’agisse de recherche fondamentale, de recherche appliquée ou d’opérations de développement expérimental, y compris la réalisation de prototypes ou d’installations pilotes.

Elle a pour but d’apporter une contribution théorique ou expérimentale à la résolution de problèmes techniques. À cet effet, elle concourt à l’analyse des propriétés, des structures, des phénomènes physiques et naturels, en vue d’organiser, au moyen de schémas explicatifs ou de théories interprétatives, les faits dégagés de cette analyse.

Ont le caractère de recherche appliquée les activités qui visent à détecter les applications possibles des résultats d’une recherche fondamentale ou à trouver des solutions nouvelles permettant à l’entreprise d’atteindre un objectif déterminé choisi à l’avance.

Ce sont des opérations effectuées, au moyen de prototypes ou d’installations pilotes, dans le but de réunir toutes les informations nécessaires pour fournir les éléments techniques des décisions, en vue de la production de nouveaux matériaux, dispositifs, produits, procédés, systèmes, services ou en vue de leur amélioration substantielle.
Exemple : peut constituer une opération de développement expérimental l’acquisition d’un brevet en vue de l’adapter à une application particulière ou d’aboutir à un produit substantiellement nouveau.

L’article 244 quater B donne une liste limitative des dépenses éligibles au CIR. Il s’agit :
- des dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l’état neuf et affectées directement à la réalisation d’opérations de recherche scientifique et technique, y compris la réalisation de prototypes ou d’installations pilotes ;
- des dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens directement et exclusivement affectés aux travaux de recherche et de développement. Par ailleurs, lorsque les dépenses se rapportent à des personnes titulaires d’un doctorat ou d’un diplôme équivalent, celles-ci sont retenues pour le double de leur montant pendant les vingt-quatre premiers mois (douze mois pour les dépenses exposées jusqu'au 31 décembre 2007) suivant leur recrutement, sous réserve de respecter certaines conditions ;
- des autres dépenses de fonctionnement exposées pour ces mêmes travaux : elles sont évaluées forfaitairement à 75 % des dépenses de personnel définies ci-dessus. Ce taux est fixé à 200 % lorsque les dépenses sont afférentes, sous conditions, aux jeunes docteurs ;
- des frais de dépôt et de maintenance des brevets et de certificat d’obtention végétale ;
- des frais de défense des brevets et des certificats d’obtention végétale. Ils comprennent, par exemple, les frais de justice et les honoraires d’avocats exposés lors d’actions en justice engagées à la suite de contrefaçons ;
- des dotations aux amortissements des brevets et des certificats d’obtention végétale acquis en vue de réaliser des opérations de recherche et de développement expérimental ;
- des dépenses concernant les opérations de recherche sous-traitées à des entreprises ou des organismes extérieurs pour un montant plafonné à 10 millions d'euros (seulement 2 millions d'euros s'il existe un lien de dépendance entre l'entreprise bénéficiaire du CIR et ces organismes). Depuis le 1er janvier 2008, ce plafond est porté à 12 millions d'euros pour les opérations confiées à un organisme public ou à une université (en l'absence de lien de dépendance) ;
- des dépenses relatives à des opérations confiées à des organismes de recherche privés agréés par le ministre chargé de la recherche, des experts scientifiques ou techniques agréés dans les mêmes conditions dans la limite de 10 millions d’euros par an pour les dépenses exposées depuis le 1er janvier 2005 (au lieu de 2 millions jusqu’à cette date) ;
- de certaines dépenses de normalisation ;
- des dépenses de veille technologique engagées lors de la réalisation d’opérations de recherche, dans la limite de 60 000 € par an ;
- des frais de collection des entreprises industrielles du secteur textile-habillement-cuir : ils sont liés à l’élaboration de nouvelles collections confiées à des stylistes ou à des cabinets de style agréés, extérieurs à l’entreprise. À ce titre, les frais de défense des dessins et modèles sont également éligibles au CIR dans la limite de 60 000 € par an ;
- depuis le 1er janvier 2008, des primes et cotisations d'assurance de protection juridique prévoyant la prise en charge des dépenses exposées dans le cadre de litiges pourtant sur un brevet ou un certificat d'obtention végétale dont l'entreprise est titulaire. Ces dépenses sont prises en compte dans la limite de 60 000 euros par an.

La loi de finances pour 2008 a réformé le mode de calcul du CIR

Le CIR est égal à la somme :
- de 10 % des dépenses de recherche exposées au cours d’une année civile : c’est la part dite en volume ;
- et de 40 % de la variation des dépenses de cette même année comparée à la moyenne des dépenses des deux années précédentes (revalorisées de la hausse des prix à la consommation hors tabac) : il s’agit de la part en accroissement.

Pour les entreprises nouvelles et celles exposant leurs premières dépenses de recherche, le CIR est égal à 50 % des dépenses engagées au cours de l’année. 

Exemple : une entreprise a engagé les dépenses de recherche suivantes (il n’est pas tenu compte de la hausse des prix) :
- 1 000 000 € en 2004 ;
- 2 000 000 € en 2005 ;
- 5 000 000 € en 2006 ;
Pour les dépenses exposées en 2006, le CIR est calculé comme suit :
- la part en volume est égale à 5 000 000 x 10 % = 500 000
- la part en accroissement est égale à :
[5 000 000 - (3 000 000/2)] x 40 % = 1 400 000
Le CIR est donc de 500 000 + 1 400 000 = 1 900 000 €. 

Remarque : si l’entreprise diminue ses dépenses de recherche au cours d’une année, elle va dégager un crédit d’impôt dit "négatif". Celui-ci s’impute uniquement sur les parts en accroissement calculées au cours des cinq années suivantes : la part en volume du CIR reste donc acquise.

2. Mode de calcul du CIR  pour les dépenses exposées à partir du 1er janvier 2008 

Le taux du crédit d'impôt recherche est de 30 % pour un montant de dépenses de recherche inférieur ou égal à 100 millions d'euros et de 5 % au-delà. La part en accroissement est donc supprimée.

Exemple : en 2008, une entreprise expose 300 millions d'euros de dépenses de recherche. Le crédit d'impôt dont elle peut bénéficier est de (100 M€ x 30 %) + (200 M€ x 5 %) soit 40 millions d'euros.

En outre, le taux de 30 % est porté à 50 % et à 40 % au titre respectivement de la première et de la deuxième année qui suivent l'expiration d'une période de cinq années consécutives au titre desquelles l'entreprise n'a pas bénéficié du CIR. Cependant, pour bénéficier de ces taux majorés, l'entreprise ne doit pas avoir de lien de dépendance avec une autre entreprise ayant bénéficié du CIR au cours de la même période de cinq années.

B. Plafonnement du CIR

Jusqu'au 31 décembre 2007, le montant du CIR est plafonné à 16 millions d'euros par an et par entreprise. Depuis le 1er janvier 2008, le CIR est déplafonné : la totalité des dépenses de recherche ouvrent droit au CIR, sous réserve des plafonds applicables à certaines catégories de dépenses (par exemple, le plafond de 12 millions d'euros concernant les dépenses de sous-traitance).

Le CIR vient en déduction de l’IR ou l’IS dû par l’entreprise au titre de l’année au cours de laquelle les dépenses de recherche sont engagées. L’imputation se fait au moment du paiement du solde de l’impôt.
Si le montant du crédit est supérieur au montant de l’impôt dû, l’excédent est imputé sur l’IR ou l’IS à payer au titre des trois années suivantes. La fraction non utilisée au terme de cette période est remboursée à l’entreprise.
Toutefois, les PME de croissance (article 220 decies du CGI) et les jeunes entreprises innovantes (voir notre fiche pratique La jeune entreprise innovante) peuvent obtenir le remboursement immédiat du CIR au titre de leur année de création et des quatres années suivantes.

L’option pour le CIR doit être réalisée chaque année par le dépôt de la déclaration spéciale n° 2069-A (disponible dans les services des impôts des entreprises).

Les entreprises relevant de l’IR doivent joindre la déclaration spéciale n° 2069-A à leur déclaration de résultat.
Celles soumises à l’IS l’adressent au comptable de la Direction générale des impôts avec le relevé de solde de l’IS (imprimé n° 2572).
Un exemplaire de ce document doit également être envoyé à la Direction de la technologie du ministère de la recherche (Division « Crédit d’impôt recherche », 1 rue Descartes, 75231 Paris cedex 05).

Afin de réduire le risque de redressement fiscal, l’entreprise est vivement incitée à s’assurer, préalablement au démarrage des travaux, que leurs projets de recherche sont éligibles au CIR. À cet effet, il lui suffit d’adresser une demande accompagnée d’un dossier par voie postale en recommandé avec accusé de réception auprès de la Direction des Services fiscaux dont elle dépend.
L’absence de réponse de la part de l’administration fiscale dans un délai de six mois vaut accord tacite. Cependant, ce dernier ne vaut que pour le projet particulier de recherche présenté et examiné. Ainsi, chaque projet peut faire l’objet d’une demande d’avis préalable.