La cession du fonds de commerce entraîne l’imposition immédiate des bénéfices non encore taxés à la date de cet événement.
Il s’agit :
- des bénéfices d’exploitation réalisés depuis la fin du dernier exercice taxé ;
- des bénéfices en sursis d’imposition, en particulier les provisions précédemment constituées qui deviennent sans objet du fait de la cession ;
- des plus-values de cession d’éléments d’actifs immobilisés dont la détermination et les modalités d’imposition sont spécifiques.

Le cédant est soumis à deux obligations :
- aviser l'administration de la cession et de sa date d'effet en indiquant les nom, prénoms et adresse du cessionnaire. Cette déclaration est adressée au Centre de formalités des entreprises (CFE) dans les 60 jours à compter de la publication de la vente dans un journal d’annonces légales, publication devant elle-même intervenir dans les 15 jours de la cession. Toutefois, la date de l’entrée en jouissance de l’acquéreur peut être retenue lorsqu’elle est postérieure à celle de la publication ;
- la déclaration du bénéfice réel, accompagnée d’un résumé du compte de résultat, au service des impôts des entreprises dans un délai identique de 60 jours.

L’imposition établie au titre de l’impôt sur le revenu étant perçue par voie de rôle (c'est-à-dire le document administratif sur lequel figure le nom du contribuable et le montant de son imposition), elle est en principe exigible dès la mise en recouvrement de ce rôle.
L’imposition immédiatement exigible revêt cependant un caractère provisoire et viendra en déduction de l’impôt ultérieurement établi au titre des revenus du foyer fiscal du cédant perçus dans l’année au cours de laquelle est intervenue la cession.
Si l’exercice en cours au moment de la cession est déficitaire, ce déficit est déductible du revenu global de l’exploitant.

L'exploitant redevable de la TVA, qui cède son activité, doit déposer une déclaration de TVA au service des impôts des entreprises dont il dépend dans un délai de 30 jours. Ce délai est porté à 60 jours s'il est placé sous le régime simplifié d'imposition.
En outre, la cession globale du fonds de commerce entraîne en principe le paiement de la TVA. Toutefois, cette opération est exonérée de TVA dès lors qu'elle remplit les conditions cumulatives suivantes :
- la vente porte sur l'intégralité du fonds de commerce ;
- l'acquéreur est redevable de la TVA.
L'exonération concerne alors l'ensemble des ventes de biens et prestations de services réalisées à l'occasion de la cession du fonds. Sont ainsi visés, les biens mobiliers d'investissement, les marchandises, les biens meubles incorporels (marques, brevets, licences, etc.) et les immeubles.

Lorsque la cession a lieu en cours d'année, le cédant reste redevable de la taxe professionnelle pour l'année entière. Les parties au contrat peuvent cependant prévoir dans l'acte de cession que l'acquéreur supporte une partie de l'imposition du vendeur.
En revanche, si la vente prend effet au 1er janvier, le nouvel exploitant est imposé sur les bases d'imposition déclarées par son prédécesseur.
Enfin, le nouvel exploitant doit souscrire une déclaration n° 1003 P avant le 1er janvier de l'année suivant celle de la cession. De son côté, et dans le même délai, le cédant doit informer, sur papier libre, l'administration fiscale du changement d'exploitant.